異議申立制度が無効審判制度に統合されました。
また、これに伴い、特許付与前の公告が廃止されました。
特許査定書の送達日から３ヶ月以内に特許料及び第１年度年金の納付を行う必要があります。
なお、特許付与の公告の延期を希望する場合は、特許料及び第１年度年金納付時に、公告延期を希望する理由を記載した申請書を提出することができます。ただし、延期の期間は、３ヶ月を超えないものとします。

Means-Plus-Function クレームを許可する旨が明文化されました。ただし、Means-Plus-Functionクレームの解釈の際には、均等となる範囲は、明細書の実施例に記載される構造、材料、作用でカバーされる範囲に限られます。

初審査拒絶査定書に対して再審査請求を行うことができる期限が、初審査拒絶査定書の送達日から６０日以内となりました。（改正前は初審査拒絶査定書の送達日の翌日から３０日以内）

出願日（優先権を主張している場合は優先日）から１５ヶ月以内に行われた補正は、公開公報に記載されることになりました。

・実用新案出願については、方式審査のみを行い、実体審査は行わないこととなりました。なお、２００４年７月１日の時点で審査が確定していない実用新案出願は、自動的に無審査登録の対象となります。
・技術評価請求制度が導入されました。

実用新案の権利存続期間は、出願日から１０年です。（改正前は出願日から１２年）

実用新案の補正は、出願日から２ヶ月以内又は方式審査における補正指令応答期限迄に行うことができます。

・申請書に発明者（考案者、創作者）について国籍を記載すれば、住所又は居所を上申する必要がなくなりました。
・発明者による宣誓書の提出が不要となりました。
・出願日を得るための要件から庁料金納付が削除されました。
・優先権証明書の提出期限が出願日から４ヶ月（改正前は３ヶ月）になりました。
・分割出願時の発明者（考案者、創作者）による宣誓書が不要となりました。
・意匠の請求の範囲及び図号の記載が不要となりました。
・２００４年１月以降に発行の特許証については、特許付与後に明細書及び図面の訂正が許可された場合の特許証提出が不要となりました。
（特許証に明細書・図面が添付されなくなったため、特許証を訂正する必要がなくなりました。）

・出願料や審査請求料等の料金が引き上げられました。
・制度の改正に伴う料金の廃止・新設がなされました。
・特許料減免規則が改正されました。自然人・学校・中小企業（外国人及び外国の団体含む）が出願し、特許査定を受けた場合には、第１〜６年度までの年金の減免を申請できるようになりました。
（第７年度以降の年金の減免はありません。）

減免額は以下の通りです。
　　 第１〜３年度　毎年８００台湾ドル　（１台湾ドル＝３．３円換算の場合、約２６４０円。）
　　 第４〜６年度　毎年１，２００台湾ドル　（１台湾ドル＝３．３円換算の場合、約３９６０円。）

減免の申請を行うには、以下の条件が必要です。
（１）特許権者が自然人、学校、中小企業のいずれかに該当すること。

なお、中小企業とは、以下ａ，ｂの条件の一つを満たす必要があります。

（ａ）製造業、建築業、鉄鋼業、土石採取業であって、資本金が８０００万台湾ドル（１台湾ドル＝３．３円換算の場合、約２億４０００万円）以下の企業。

（ｂ）農林水産業、水道電気ガス業、商業、運輸業、倉庫業及び通信業、金融保険不動産業、工商サービス業、社会サービス及び個人サービス業であって、前年度の売上が１億台湾ドル（１台湾ドル＝３．３円換算の場合、約３億３０００万円）以下の企業。

（２）特許権者が２以上の場合には、すべての特許権者が条件１を満たすこと。

出願変更は、査定書の送達日から６０日以内（改正前は査定書の送達日の翌日から３０日以内）に行うことができます。

特許付与後（登録後）における特許権（実用新案権、意匠権）の分割に関する規定が削除されました。これにより、特許付与後（登録後）に分割を行うことができなくなりました。

・出願人の同意なく漏洩したことによる公開が新規性喪失の例外の対象となりました。
・微生物学的な生産方法以外の植物新品種の育成方法は、不特許事由であることが明記されました。

権利者の同意を得ない販売申出が権利侵害行為として追加されました。

・期限の計算方法について、改正前の法律では、起算日を含めるものと含めないものが混在していました。今回の法改正により、起算日を含めずに算出することが明記されました。ただし、権利存続期間、年金納付期限等、期限の算出時に起算日を含めることが明記されている期限は例外とされます。
・権利侵害訴訟の早期解決を図るため、当該侵害訴訟に関わる無効審判請求に対する優先審査の規定が新設されました。
・実用新案、意匠について、２００３年３月３１日を以って、実用新案権及び意匠権の侵害に対する刑事罰に関する規定が削除されました。（特許については、２００１年法改正により既に廃止されています。）
・特許の表記に関する規定が削除されました。これは、他の法律（刑法、公正取引法、民法）に詳細が規定されているため、重複を避けるために削除されたものです。